Geschiedenis
De Weijpoortse polder hoorde aanvankelijk bij de "Zuidzijde van Bodegraven" en loosde haar water op de Oude Rijn.
Het viel onder het oude Grootwaterschap van Woerden. In 1363 trad men hieruit en groef een eigen afwateringskanaal, helemaal naar de Hollandsche IJssel om daar het overtollig water op te gaan lozen.
In 1480 was de bodem door het opdrogende veenmoeras dusdanig gedaald, dat men het water niet meer op een natuurlijke manier kon lozen. Om het gebied werden dijken aangelegd om het water buiten te houden en overtollig binnenwater werd naar buiten gemaald met een molen. Zo ontstond er een polder.
De molen maalde het water via een lang kanaal, parallel aan de Enkele Wiericke, uit op de Hollandsche IJssel. In 1492 werd een bergboezem aan dat Kanaal verbonden. Dit is een reservoir waar het water tijdelijk in wordt opgeslagen, wanneer het nog niet definitief geloosd kon worden op de IJssel.
Later, in 1529, werd een tweede molen gebouwd, tussen de bergboezem en het Kanaal, maar men bemerkte al snel dat het toch gunstiger was om weer op de Oude Rijn te gaan malen.
In 1564 bouwde de Weijpoortsche polder een eigen molen op de plaats van de huidige Weijpoortse Molen. De polder viel toen weer onder het Grootwaterschap van Woerden.
In 1672, het "Rampjaar" werd deze molen door Franse soldaten in brand gestoken. Tijdens de restauratie in 1995 werd het jaartal 1674 gevonden, er wordt daarom vanuit gegaan dat toen de huidige molen werd herbouwd. In 1812 bleek de molen zo slecht te zijn geworden dat men de polder mede liet bemalen door de twee molens van de buurpolder Langeweide. Dat beviel niet en in 1817 werd de eigen molen weer maalvaardig gemaakt.
In 1938 werd de molen gemoderniseerd door het scheprad te vervangen door een vijzel. Ook werden de wieken gestroomlijnd.
Tot 1975 bleef de molen in gebruik voor de polderbemaling, daarna nam een gemaal deze taak over. In 1995 werd de molen ingrijpend gerestaureerd. Nu wordt er wekelijks - op vrijwillige basis - met de molen gemalen.

Reconstructie molenaarswoning
Door de secretaris van het ambacht Bodegraven werd, in opdracht van het polderbestuur, de "instructie voor de watermolenaar" geschreven.
Dit is een reeks voorschriften waar de molenaar aan had te voldoen. Hierin staat onder meer dat de molenaar de molen en het zomerhuis "goed en zindelijk moet bewonen" en dat de molenaar "stiptelijk moet gehoorzamen aan de orders van schout en poldermeesters" 
In 1909 wordt de woning in de molen afgekeurd door de gezondheidscommissie van de gemeente Bodegraven. In de onbewoonbaarverklaring staat dat de molenaar moest wonen in de molen, "waar de slaapplaatsen ongeschikt waren en dat het er ondragelijk tochtte".
De woning in de molen raakte daarna in onbruik en werd uitgebroken. Uit archiefonderzoek, mondelinge overleveringen, betimmering en verfsporen kon een reconstructie gemaakt worden van de molenaarswoning met bedstee zoals het er uit gezien kon hebben tussen ca.1850 en 1910. Het interieur van molen werd volgens dat concept gerestaureerd.

Wat is er te zien?
Tijdens een bezoek aan de molen is te zien hoe een eeuwenoude, zeer grote poldermolen werkt. Hoe het water uit de polder wordt gemalen, hoe zware houten assen en wielen de vijzel aandrijven welke op zijn beurt het water uit de polder in de Oude Rijn uitmaalt. De molenaar vertelt - en laat zien - hoe de molen wordt bediend en geeft uitleg over de geschiedenis van het polderlandschap en de betekenis van molens voor de wordingsgeschiedenis van het huidige veenweidelandschap. Binnen in de met riet gedekte ondertoren is te zien hoe ooit de molenaar met zijn gezin leefde in een kleine huiskamer met bedstee.
Het smalle pad naar de molen is te vinden naast het voetbalveld van de Voetbalvereniging Rijnstreek. Het adres is Weijpoort 25 Nieuwerbrug.

Stukje uit het Archief RHC Rijnstreek en Lopikerwaard - Beheersnummer: B058 - Archief: NH gemeente Bodegraven Lidmatenregister 1764 - Inventarisnr: 30 - Folionr: 39

Beroep:
vanaf 17-09-1764 Watermolenaar op de Weijpoortse molen
Vermeld:
vanaf 1764 Lidmaten
Naam: Matthijs de Jong
Burgerlijke staat: gehuwd
Partner: Stijntje van Kempen
Kerkgenootschap: Nederlands-hervormd
Aangenomen: 17-09-1764
Kerkelijke attestatie van Waarder ingebracht.
Adres: Weijpoort
Opmerkingen: Molenaar op de Weijpoortse molen.