De naam Weijpoort is volgens de Bodegraafse historicus Cees Beunder afkomstig van "Wi-Portus", dat is "haven van Wiltenburg". Enkele kilometers naar het zuiden ligt bij Oucoop de voormalige "hooge heerlijkheid" Wiltenburg, nu een boerderij, vroeger een heerlijkheid. Deze Wiltenburg zou een haven, portus, hebben gehad aan de Oude Rijn. Aan de juistheid van de verklaring wordt echter getwijfeld. Wellicht is de naam gewoon ontstaan uit het weiland dat in de polder was gelegen.