Tot zeker 1887 werd de Molendijk de 'Papendijk' genoemd.
De Molendijk lag vanouds in de gemeente Waarder. De dijk dankt zijn naam aan de poldermolen van de polder Westeinde van Waarder, die halverwege deze dijk heeft gestaan totdat hij in 1881 vervangen werd door het, inmiddels ook al verdwenen gemaal "Knijff" (gesloopt in 1976). In 1964 is bij de gemeentelijke herindeling de straat in de gemeente Bodegraven gekomen.