De Korte Waarder is genoemd naar de hier gelegen polder naast de Hof van Waarder. Het was een polder (net als de Cortenhoeve en Kortland) die bestond uit enkele reststukken grond. De lengte van de landerijen was dus korter dan de standaard ontginningsgrootte van 1250 meter. Tot 1964 lag deze straat in de gemeente Waarder. Pas na de gemeentelijke herindeling kwam de straat bij de gemeente Bodegraven, die de straatnaam handhaafde.
Op oude kaarten, maar ook in de volksmond werd de straat ook wel 'Korte Waardse dijk', of 'Waardse dijk' genoemd.